Câu chuyện xảy ra tại vùng đất hư cấu Jushin, phỏng theo Triều Tiên phong kiến, trong thời kỳ triều đình suy tàn và có sự xâm nhập của người Tây phương. Ở đất nước này, có những đại diện bí mật của triều đình do đích thân nhà vua phong, gọi là quan ám hành ngự sử. Họ được giao nhiệm vụ đi khắp nơi tìm kiếm, trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ nhằm mang lại công lý cho nhân dân.

Ở phần đầu chuyện, người đọc được giới thiệu về một đất nước Jushin đã diệt vong, bị phân tách thành các thái ấp và vương quốc nhỏ. Nhiều nơi bị cai trị bởi những tên quan đồi bại và bạo ngược, một vài kẻ còn là quái vật đội lốt. "Ám hành ngự sử" đi theo cuộc hành trình của một trong những quan ám hành ngự sử cuối cùng - Munsu. Dù chỉ có một mình, anh vẫn lang thang khắp đất nước, giải quyết những hỗn loạn gây ra bởi sự diệt vong của Jushin. Không chỉ tháo gỡ các vấn nạn của dân chúng, Munsu còn tìm kiếm kẻ đã ám sát người bạn thân nhất của mình, người từng là vị vua Jushin cuối cùng. Kẻ đó còn đóng vai trò hủy diệt cả vương quốc, mang tên Aji Tae.

Trên đường đi tìm Aji Tae, Munsu đã gặp lại những đồng đội cũ năm xưa, đa số họ đều theo phe Aji Tae và quay sang hận thù anh. Bù lại, Munsu cũng kết thêm rất nhiều đồng minh mới. Trong trận chiến cuối cùng với kẻ thù và đám quái vật, tất cả bạn hữu của Munsu đều tham gia. Mặc dù họ giành chiến thắng trước Aji Tae, nhưng cái giá phải trả chính là sự hi sinh của rất nhiều người, trong đó có Munsu.